根據(jù)相關(guān)規(guī)定，有下列情況之一的，相關(guān)軟件著作權(quán)登記申請將被駁回，不予登記并書面通知申請人：

（一）提交的鑒別材料不是《條例》規(guī)定的軟件程序和文檔的；

（二）申請登記的軟件存在權(quán)屬爭議的；

（三）表格內(nèi)容填寫不完整、不規(guī)范，且未在指定期限內(nèi)補(bǔ)正的；這里的補(bǔ)正期限是指登記中心要求補(bǔ)正的通知之日起30日內(nèi)；

（四）申請文件中出現(xiàn)的軟件名稱、權(quán)利人署名不一致，且未提交證明文件的。

以上就是軟件著作權(quán)登記申請被否決的幾種情況，對于登記機(jī)關(guān)不予登記的軟件著作權(quán)登記申請，其已經(jīng)繳納的申請費用不予退回。